Con más de 30 años de labor en la administración de justicia, no es hasta los últimos 10 años que el magistrado José Ayú Prado logra sus máximos ascensos, todos de la mano del expresidente Ricardo Martinelli, que primero lo nombra como procurador general de la Nación y luego magistrado de la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia (CSJ), donde está hasta 2023.
En 1984 Ayú Prado inicia como oficial mayor, y en el 2009, cuando Martinelli llega al poder, era fiscal especializado Contra la Delincuencia Organizada. Al año siguiente en diciembre de 2010 es nombrado procurador de la Nación; y en 2013, magistrado.
La desconfianza que genera Ayú Prado administrando justicia llevó a distintos sectores de la sociedad a protestar en 2009 en las escalinatas de la CSJ, exigiendo su renuncia. Además, es uno de los magistrados que más denuncias llegó a acumular en la Asamblea Nacional, las que al final fueron archivadas.
El caso más reciente en donde ha salido a relucir el nombre de Ayú Prado es el de los pinchazos, que terminó con Martinelli absuelto de todo delito.
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Víctimas en este caso como Mitchell Doens expresaron en más de una ocasión su desconfianza hacía Ayú Prado, y más cuando según él llegó al cargo por los favores que le hacía a Martinelli.
El 20 de octubre de 2015, Ayú Prado solicitó que se le declarara impedido en el caso y en abril de 2020 renuncia a la coordinación del Sistema Penal Acusatorio (SPA).
Pero para esa fecha, en 2016 había nombrado de forma interina a más de 600 subalternos, personal de confianza, en los juzgados y tribunales del SPA, así como a los magistrados de tribunales superiores, sin cumplir con lo que establece la Ley 53 de 2015, que regula la Carrera Judicial.
Trascendió que entre los nombramientos hechos por Ayú Prado están los de las juezas Iveth Francois Vega, Jennifer Cristine Saavedra Naranjo y Marysol Osorio Leyton, que integraron el nuevo tribunal de juicio que absolvió a Martinelli.
El propio magistrado Ayú Prado informó el viernes 12 de noviembre de 2021, que en la sesión del Pleno realizada el día jueves, se decidió quitarle al magistrado Cecilio Cedalise la ponencia sobre el recurso de inconstitucionalidad que presentó el expresidente Ricardo Martinelli en el caso pinchazos, ahora absuelto, por objeciones que se presentaron, por lo que la ponente es la magistrada María Eugenia López Arias.
Ayú Prado dijo que la idea ahora es que se elabore un nuevo proyecto de fallo.